水的消毒方法可分化學的和物理的兩種。物理消毒方法有加熱法、紫外線法、超聲波等法。化學方法有加氯法、臭氧法、重金屬離子法以及其他氧化劑法等。其中以加氯法使用最為普遍，因為氯的消毒能力強，價格便宜，設備簡單，余氯測定方便；便于加量調節等優點而得到廣泛應用。
加氯法，除使用氯氣之外，還有氯的化合物，如次氯酸鈉、次氯酸鈣、氯胺類以最近國外在自來水廠中廣為應用的二氧化氯--這是一種比氯的氧化性能更為強烈的氧化劑。消毒還可以用非氧化型殺生物劑，如氯酚類消毒劑和季銨鹽類化合物。最近國外研制的二硫氰酸亞甲酯、鹽酸十二烷基胍、有機溴化物等，以及國內研制成功的NL-4,SQ8等都是有效的消毒劑。此外，早期使用的還有銅鹽，如硫酸銅等殺生劑，這此都屬于化學方法的消毒。
