（1）加強生物相觀察
在正常運行和生物膜降解能力良好時，生物膜上的生物相相對穩定，細菌和原生動物之間存在著制約關系。
在運行過程中，若有機物負荷或營養狀況有較大變化，則原生動物中固著性鐘蟲、枝蟲消失，絲狀菌稀少，菌膠團結構松散，而游泳性草履蟲、鐘蟲大量出現，出水水質變差。
反之，若原來出水水質較差，一旦出現鐘蟲、枝蟲、絲狀菌，菌膠團結構緊密，而游泳性草履蟲、鐘蟲減少，則說明環境條件有了改善，出水水質變好。因此原生動物纖毛蟲，特別是鐘蟲、枝蟲是生物接觸氧化系統運轉良好的有價值的指示性生物。
（2）控制進水pH值
影響生物接觸氧化池正常運轉的因素主要有溫度、pH值、溶解氧和營養物。pH值較易測定，對于pH值過高或過低的廢水，要進行pH值的調節處理，控制生物接觸氧化池pH值在6.5-9.5之間。否則，氧化池中微生物易受損害，影響生物相和處理效果。
（3）防止填料的堵塞
防止填料堵塞除在設計過程中選擇適宜的填料外，在運行過程應定時加大氣量對填料進行反沖洗，通常是15~20d反沖洗一次，每次反沖洗30分鐘左右。這對于填料上衰老生物膜的脫落，促進生物膜的新陳代謝，防止填料堵塞很有效。
